補助金と助成金のいちばん大きな違いは、補助金には審査と採択があり申請しても必ずもらえるわけではないのに対し、助成金の多くは要件を満たせば原則として受給できる点です。どちらも返済は不要ですが、原則として後払いで、事前の手続きを一つ飛ばすだけで対象外になることがあります。

この記事は、スーパー、コンビニ、ドラッグストア、飲食店などを経営する方や、店舗の設備投資・人事を担当する方に向けて書いています。「どの制度から調べればよいか分からない」「申請の順番を間違えたくない」という段階の方を想定しています。

以下では、所管や審査の有無といった基本的な違い、申請の流れ、交付決定前の発注などの落とし穴、受給後の義務、店舗で使われることの多い主な制度の早見表を順に解説します。各制度の要件や金額は年度や公募回ごとに変わるため、申請前には必ず最新の公募要領やパンフレットを確認してください。

補助金と助成金の基本的な違い

中小企業庁のミラサポplusでは、補助金も助成金も「国や地方自治体の政策目標に合った事業の実施をサポートするために給付するお金」と説明されています。融資と違って返済は不要ですが、使い道や手続きのルールは制度ごとに細かく決められています。

所管と目的の違い

一般に、補助金は経済産業省・中小企業庁系の制度が中心で、設備投資や販路開拓、新事業など「事業の成長」を後押しするものが多くなっています。助成金は厚生労働省系の制度が中心で、雇用の安定、正社員化、賃上げ、職場環境の改善など「雇用・労働」に関する取組を支援するものが多いです。

ただし、名称だけで厳密に分かれているわけではありません。自治体の制度では「助成金」という名前でも審査がある場合があるため、名称ではなく公募要領の中身で判断してください。

審査・採択の有無

ミラサポplusの補助金入門では、「助成金は要件を満たして申請すれば原則受給できるものが多いのですが、補助金は要件を満たして申請しても必ずもらえるわけではありません」と説明されています。補助金は予算と採択件数に限りがあり、事業計画の内容が審査されます。

一方で助成金も、要件の確認は厳格です。計画書の事前提出や賃金台帳・出勤簿などの書類がそろっていないと、支給されません。

項目補助金（主に経産省・中小企業庁系）助成金（主に厚労省系）
主な目的設備投資、販路開拓、新事業、デジタル化など雇用の安定、正社員化、賃上げ、人材育成、両立支援など
審査・採択あり。申請しても不採択になることがある要件を満たせば原則支給されるものが多い
募集期間公募回ごとに締切がある制度により異なり、年度途中の締切や受付終了もある
支払い時期原則、事業終了後の後払い（精算払い）原則、取組の実施後に支給申請して後払い
主な電子申請Jグランツ（GビズIDを利用）など制度ごとに電子申請、窓口持参、郵送などの方法が定められている
相談先の例各補助金の事務局、商工会・商工会議所、認定支援機関都道府県労働局、ハローワーク、社会保険労務士

補助金の申請の流れ

補助金は、公募から入金までに審査、交付決定、事業の実施、報告といった段階があり、長い期間がかかることがあります。ミラサポplusの補助金入門 STEP3では、専門家による審査、採択、交付決定、事業の実施、報告という段階を経ることが説明されています。

  1. GビズIDプライムを取得する（法人代表者・個人事業主向けのアカウント）
  2. 公募要領を読み、対象者・対象経費・補助率・締切を確認する
  3. 事業計画を作成し、見積書などの必要書類をそろえる
  4. Jグランツなどの電子申請システムで申請する
  5. 審査を経て採択が発表される
  6. 交付申請を行い、交付決定を受ける
  7. 交付決定後に発注・契約・支払いを行い、事業を実施する
  8. 実績報告を提出し、確定検査を受ける
  9. 補助金額が確定し、入金される
  10. 事業化状況報告など、事業終了後の報告を行う

GビズIDプライムとJグランツ

GビズIDは、行政サービスに共通して使える事業者向けの認証システムです。GビズIDプライムの取得には審査があり、公式サイトでも「時間がかかる場合があります」と案内されているため、使いたい補助金が決まっていなくても早めに取得しておくと安心です。

Jグランツは、国や自治体の補助金の電子申請システムで、個人事業主や中小企業はGビズIDを利用して検索・申請できます。補助金によって使う申請システムが異なる場合もあるため、公募要領で確認してください。

事業計画は「実現性」が問われる

補助金の審査では、事業計画の具体性と実現性が重視されます。ミラサポplusでも、漠然とした期待ではなく具体的な内容で実現性を示すことが求められると説明されています。

たとえばスーパーがセルフレジを導入するなら、「レジ待ち時間を何分短縮し、浮いた人員を何時間分どの業務に回すか」まで数字で書くのが基本です。飲食店の配膳ロボットなら、現状の配膳にかかる人数や時間帯別の客数を示すと説得力が増します。

申請前後の落とし穴

交付決定前の発注・契約は対象外

特に注意したいのが、交付決定の前に発注や契約をしてしまうことです。ミラサポplusでも「交付決定の前に発注した経費については『補助金の対象外』になります」と明記されています。採択の通知を受けた時点ではまだ交付決定ではない点に注意が必要です。

助成金でも同様のルールがあります。たとえば業務改善助成金は、賃金の引上げや設備投資等は「これから実施するもの」が対象とされています。

原則後払いと資金繰り

補助金は原則として事業終了後の後払い（精算払い）で、ミラサポplusでは「一度は事業者が補助対象となる費用全額を立て替えなくてはなりません」と説明されています。たとえば補助率が2分の1の制度で設備を導入する場合でも、いったんは設備代の全額を支払う必要があります。

入金は実績報告と確定検査の後になるため、その間の運転資金を確保しておきましょう。必要に応じて、金融機関のつなぎ融資を事前に相談しておくと安全です。

計画届や制度の事前整備が必要な助成金

助成金では、取組の前に計画を提出しなければならない制度が多くあります。たとえばキャリアアップ助成金は、各コースの実施日の前日までにキャリアアップ計画を作成・提出する必要があります。

受給後の義務と不正受給のペナルティ

実績報告と事業化状況報告

補助事業が終わったら、証拠書類をそろえて実績報告を提出します。見積書、発注書、納品書、請求書、振込記録などは、補助事業ごとに整理して保管しておきましょう。

ミラサポplusの補助金入門では、事業終了後も年に1回「事業化状況報告書」を事務局に提出し、一般的には5回（5年間）程度続くと説明されています。報告義務を怠ると、補助金の返還を求められることがあります。

財産処分の制限

補助金等適正化法第22条では、補助事業で取得した一定の財産を、承認を受けずに目的外に使用、譲渡、交換、貸付け、担保に供することを禁じています。閉店や移転で補助金を使って導入した機器を売却・廃棄する場合は、事前に事務局へ相談し、財産処分の手続きを行ってください。

不正受給の主なペナルティ

国の補助金は補助金等適正化法の対象で、不正があれば交付決定の取消しと返還命令に加え、受領日から年10.95％の加算金がかかります。偽りその他不正の手段で交付を受けた場合は、5年以下の拘禁刑もしくは100万円以下の罰金（または併科）と定められています。

厚労省の雇用関係助成金では、不正受給をすると返還額に加え、その20％に相当する加算金と年3％の延滞金を納付する必要があり、事業主名等が公表されます。不支給決定日などから5年間は助成金を受けられなくなります。コンサルタントの指南で虚偽の申請をした場合でも、事業主が不正受給を問われる点に注意してください。

主な義務・リスク補助金助成金
事後の報告実績報告、事業化状況報告（複数年）支給申請時の書類提出、労働局の調査への協力
資産の扱い取得財産の処分に承認が必要設備を助成対象とする制度では制度ごとのルールに従う
不正時の措置交付決定取消し、返還、年10.95％の加算金、刑事罰返還、20％の加算金、年3％の延滞金、公表、5年間不支給

店舗向けの主な制度の早見表

小売・外食の店舗でよく検討される国の主な制度を、目的別にまとめました。各制度の詳しい要件や金額は、ストアガイドの個別記事で解説しています。

区分制度名主な目的
補助金中小企業省力化投資補助金人手不足解消に向けた省力化設備の導入を支援（カタログ注文型・一般型）
補助金デジタル化・AI導入補助金デジタルツールやAIの導入を支援
補助金小規模事業者持続化補助金小規模事業者の販路開拓や業務効率化の取組を支援
補助金新事業進出・ものづくり商業サービス補助金新市場・高付加価値事業への進出や革新的な製品・サービス開発の設備投資を支援
補助金事業承継・M&A補助金事業承継やM&Aに伴う取組を支援
助成金業務改善助成金設備投資等とあわせて事業場内最低賃金を引き上げる事業者を支援
助成金キャリアアップ助成金パート・アルバイトなど非正規雇用労働者の正社員化や処遇改善を支援
助成金働き方改革推進支援助成金労働時間の短縮や年次有給休暇の取得促進などに取り組む中小企業を支援
助成金人材開発支援助成金従業員の職業訓練・研修の経費や訓練中の賃金の一部を助成
助成金両立支援等助成金育児・介護と仕事を両立できる職場づくりを支援

関連するストアガイドの記事は次のとおりです。

  • 採用・定着に使える助成金まとめ（2026年度版）｜小売・外食の人手不足対策
  • 各補助金・助成金の個別解説記事（省力化投資補助金、デジタル化・AI導入補助金、持続化補助金、業務改善助成金など）

申請前のチェックリスト

  • □ GビズIDプライムを取得済みか
  • □ 最新の公募要領・パンフレットを読み、対象者・対象経費・締切を確認したか
  • □ 交付決定（または計画の認定）前に発注・契約・支払いをしていないか
  • □ 立替払いに必要な資金を確保しているか
  • □ 事業計画に、効果を示す具体的な数字を入れているか
  • □ 見積書・発注書・納品書・請求書・振込記録を保管する仕組みがあるか
  • □ 助成金の場合、計画届や就業規則の整備など事前の手続きを確認したか
  • □ 出勤簿・賃金台帳・労働条件通知書が整っているか
  • □ 事業終了後の報告義務と財産処分の制限を理解しているか
  • □ 申請を依頼する専門家や代行業者の説明内容を自分でも確認したか

よくある質問

Q. 補助金と助成金は併用できますか。

A. 目的や対象経費が異なれば併用できる場合がありますが、同じ経費に複数の国の制度を重ねて使うことは一般に認められません。併用の可否は各制度の公募要領やパンフレットで確認してください。

Q. 採択の通知が届いたので、すぐに機器を発注してもよいですか。

A. 採択は交付決定ではありません。交付申請を行い、交付決定を受けてから発注・契約するのが原則です。

Q. 助成金は要件を満たせば必ずもらえますか。

A. 原則として受給できるものが多いですが、計画届の未提出や書類の不備、労働関係法令違反などがあると支給されません。年度途中で受付が終了する制度もあるため、早めの準備が大切です。

Q. 申請は専門家に依頼したほうがよいですか。

A. 補助金は認定支援機関や商工会・商工会議所、助成金は社会保険労務士に相談する方法があります。ただし、代理人が不正をした場合でも事業主が責任を問われるため、提出書類の内容は必ず自社で確認してください。

まとめ

補助金は審査・採択がある競争型、助成金は要件を満たせば原則受給できる要件型と考えると整理しやすくなります。どちらも原則後払いで、交付決定前の発注や計画届の出し忘れがあると対象外になります。

受給後も、実績報告や事業化状況報告、財産処分の制限などの義務が続きます。まずはGビズIDプライムの取得と書類の整備から始め、使いたい制度の最新の公募要領を確認してください。

出典